Inte längre hett

Postad 2019-03-07 av Karl Pettersson. Taggar: epidemiologi

Som jag konstaterade i förra inlägget verkar denna influensasäsong ha nått sin topp. Minskningen av rapporterade fall har fortsatt vecka 9 (Folkhälsomyndigheten 2019b). Säsongen har dominerats av A(H1N1)pdm09, men jag frågar mig om det kommer att bli många fler säsonger med denna typ, oavsett om det blir pandemi inom de närmaste åren eller inte.

Det verkar som viruset driftat långsamt. Denna säsong har det mest varit små barn och äldre som varit utsatta, fast det tidigare säsonger mer varit ungdomar och vuxna i arbetsför ålder som drabbats av A(H1N1)pdm09. En förklaring till det förändrade mönstret kan vara att det i den senare gruppen är många som haft influensa orsakad av subtypen tidigare säsonger efter 2009, och att den inte förändrats mer än att den då förvärvade immuniteten fortfarande ger ett skydd. Små barn kanske däremot inte ens var födda när subtypen sist cirkulerade och har därmed inte hunnit få någon immunitet.

Frågan är om A(H1N1)pdm09 kommer att drifta snabbare i framtiden, på grund av ökat selektionstryck, eller om den tvärtom kommer att tyna bort. Från 1977 till pandemin 2009 cirkulerade en annan variant av A(H1N1) parallellt med A(H3N2) och B (vi kan kalla den A(H1N1)pdm77). Det finns inga svenska influensarapporter publicerade för åren före millennieskiftet, men amerikanska CDC:s rapportserie MMWR innehåller en del information om cirkulerade influensastammar internationellt, och finns tillgänglig från 1982 via CDC (2019). Tab. 1 nedan visar information om vilka influensasubtyper som varit dominerande i Europa säsongerna från 1981/82 eller 2008/09. Observera att det inte finns något konsekvent, enhetligt sätt att rapportera detta, och att det då i viss mån baseras på min subjektiva bedömning av rapporterna. Subtyper som gett upphov till signifikanta utbrott under en säsong är markerade med 1, andra med 0.

Tabell 1: Cirkulerande influensasubtyper i Europa 1981/82–2008/09.
Säsong A(H1N1)pdm77 A(H3N2) B
1981 1 0 1
1982 0 1 0
1983 1 0 1
1984 0 1 0
1985 0 1 1
1986 1 0 0
1987 0 0 1
1988 0 1 0
1989 0 1 0
1990 0 0 1
1991 0 1 0
1992 0 0 1
1993 0 1 0
1994 0 1 1
1995 0 1 0
1996 0 1 0
1997 0 1 0
1998 0 1 0
1999 0 1 0
2000 1 0 1
2001 0 1 0
2002 0 1 1
2003 0 1 0
2004 0 1 0
2005 0 0 1
2006 0 1 0
2007 1 0 1
2008 0 1 0

A(H1N1)pdm77 verkar inte ha varit dominerande någon säsong efter 1986/87. Liksom A(H1N1)pdm09 drabbade den i stor utsträckning barn, ungdomar och yngre vuxna (vilket i sin tur kan bero på att A(H1N1) också cirkulerade 1918–57, vilket kan ha gett korsimmunitet i äldre generationer). När även 1980-talets yngre generationer uppnått relativt god flockimmunitet mot de cirkulerande A(H1N1)pdm77-stammarna blev den alltmer utmönstrad av A(H3N2), som driftade snabbare, även om den fortsatte cirkulera sporadiskt fram till 2009.

De influensasubtyper som cirkulerat i Sverige säsongerna efter pandemin 2009 har också varierat en del. Fig. 1 visar andelen laboratorieprover positiva för A(H1N1)pdm09, annan A (i praktiken A(H3N2)) eller B säsongerna 2009/10 till 2017/18, baserat på information i årsrapporter tillgängliga via Folkhälsomyndigheten (2019a). Antalet prover som tagits har ökat under 2010-talet, och andelen positiva prover kan då vara mer upplysande vid en jämförelse mellan olika säsonger. Fram till 2015 testades alla prover för A(H1N1)pdm09, och de negativa kan då räknas till övrig A. Sedan 2015 har detta bara gjorts vid vissa laboratorier, och de andelar för A(H1N1)pdm09 och annan som visas baseras på antagandet att fördelningen bland de A-positiva prover som inte subtypats är densamma som bland de subtypade för en given säsong. Diagrammet kan återskapas genom att klona bloggförrådet och köra inf_se_0917.jl i underkatalogen postdata/2019-03-07-kallt.

Figur 1: Andel laboratorieprover positiva för influensasubtyper Sverige 2009/10–2017/18.
Figur 1: Andel laboratorieprover positiva för influensasubtyper Sverige 2009/10–2017/18.

De flesta säsongerna har den totala andelen positiva prover legat på ca 20 procent. A(H1N1)pdm09 cirkulerade, före den innevarande säsongen, i signifikant omfattning säsongerna 2009/10, 2010/11, 2012/13, 2013/14 och 2015/16 och stod för en majoritet av de positiva proverna 2009/10, 2013/14 och 2015/16. Det ser ut som den innevarande säsongen blir en ganska genomsnttlig A(H1N1)pdm09-dominerad säsong. Andelen positiva prover till och med vecka 9 är 18 procent, och den kommer sannolikt inte att förändras mycket under återstoden av säsongen. Säsongen 2013/14 sticker i övrigt ut som mild, med bara drygt 10 procent positiva prover. Det kan bero på att alla tre typerna cirkulerade i relativt stor omfattning 2012/13, så att flockimmuniteten mot dem var ganska bra. Mönstret liknar det som sågs under 1980-talet med A(H1N1)pdm77. Kommer pdm09-varianten att gå ett liknande öde till mötes som pdm77-varianten gjorde efter detta decenniums slut?

För övrigt har jag testat att skriva detta inlägg i acme (cat-v.org 2009), en textredigerare med ett originellt musstyrt användargränssnitt, som jag kort nämnde i inlägget den 30 april förra året. Fig. 2 visar bloggpostens markdownkällkod i acme. Annars brukar jag använda vim (som snarare än inriktad på att minimera användning av musen); får se vad jag fortsätter med.

Figur 2: Denna bloggpost i acme.
Figur 2: Denna bloggpost i acme.

Referenser

cat-v.org. 2009. ”The Acme User Interface for Programmers”. http://acme.cat-v.org/.

CDC. 2019. ”MMWR Weekly: Past Volumes (1982-2018)”. https://www.cdc.gov/mmwr/mmwr_wk/wk_pvol.html.

Folkhälsomyndigheten. 2019a. ”Sök publikationer”. https://www.folkhalsomyndigheten.se/publicerat-material/publikationer/.