Hederliga intyg

Postad 2019-04-13 av Karl Pettersson. Taggar: epidemiologi

I förra inlägget skrev om jag de uppskattningar av dödsfall till följd av infektioner generellt och infektioner med multiresistenta organismer som presenterats av Burnham, Olsen och Kollef (2019). Som framgår av inlägget har de i mycket begränsad omfattning använt sig av de dödsorsaker som rapporteras på dödsorsaksintyg i sina beräkningar. Uppskattningarna diskuteras också i en artikel från centret för forskning om infektioner på University of Minnesota (Dall 2019). En av författarna till den förra artikeln, Jason Burnham, intervjuas och uttalar sig skeptiskt om tillförlitligheten hos dessa intyg. Han beskriver en situation där en stressad AT-läkare (eller dess amerikanska motsvarighet) skall fylla i ett intyg klockan två på morgonen, och då nöjer sig med att fylla i cancer, eftersom hen vet att den avlidne hade det, vilket leder till att infektioner som tillstött inte rapporteras.

Burnham, Olsen och Kollef (2019) refererar vidare till Govindan m.fl. (2014), vars titel säger att dödorsaksintygen underskattar infektioner som proximal causes of death i USA. Artikeln bygger på en jämförelse av rapporterade underliggande dödsorsaker hos personer som dött på sjukhus i USA med de primärdiagnoser för vilka personerna vårdades vid dödsfall. De tre vanligaste underliggande dödsorsakerna i deras gruppering är hjärtsjukdomar (30,8 procent av de sjukhusvårdade personerna), cancer (15,4 procent) och slaganfall (9,4 procent). De tre vanligaste primärdiagnoserna är däremot infektioner, definierat som influensa, lunginflammation eller sepsis, (24,5 procent), hjärtsjukdom (13,5 procent) och slaganfall (7,2 procent). Bland de som har hjärtsjukdom, cancer eller slaganfall som underliggande dödsorsak har 17–19 procent infektioner som primärdiagnos – vilket, märkligt nog, är vad Burnham, Olsen och Kollef (2019) använder för att uppskatta av andelen dösfall utanför sjukhus som orsakas av infektioner.

Nu finns datafiler med alla diagnoser som nämns på amerikanska dödsorsaksintyg tillgängliga via National Center for Health Statistics (2018). De kan analyseras med mitt Usmort-paket för Julia. Nedanstående kod definierar funktioner för att beräkna antalet döda på en viss dödsplats med infektioner (definierat som ICD-10 A00-B99, kapitel I, som bl.a. innefattar sepsis, eller J00-J22, influensa, lunginflammation eller andra luftvägsinfektioner) nämnda på intyget.

using Usmort
allexpr = caexpr(:all)
infexpr = "[AB]|J[0-2]"
function infentdplace_sex(yr, sex, pl, op)
    inf = sum(ageca(yr, sex, allexpr, [infexpr], dplace=[pl, op, 2])[:N])
    tot = sum(ageca(yr, sex, allexpr, dplace=[pl, op, 2])[:N])
    prop = inf/tot
    Dict(:inf => inf, :tot => tot, :prop => prop)
end
function infentdplace_dsum(d1, d2)
    inf = d1[:inf]+d2[:inf]
    tot = d1[:tot]+d2[:tot]
    prop = inf/tot
    Dict(:inf => inf, :tot => tot, :prop => prop)
end

Nedanstående ger antalet kvinnor och män som dog på sjukhus (platskod 1) 2010 med någon infektion rapporterad och summerar resultaten.

fhosp = infentdplace_sex(2010, :F, 1, "=")
mhosp = infentdplace_sex(2010, :M, 1, "=")
infentdplace_dsum(fhosp, mhosp)

Summeringen visar att 816 080 dog på sjukhus totalt, varav 247 155, eller 30,3 procent, med infektion nämnd. Andelarna skiljer sig inte signifikant mellan kvinnor och män. Detta stämmer ganska bra med uppskattningarna hos Burnham, Olsen och Kollef (2019) (715 000 döda på sjukhus, varav 245 960, eller 34,4 procent, av infektion), som baseras på data över utskrivna från sjukhus och undersökningar av förekomsten av sepsis hos folk som dött på sjukhus.

Om beräkningarna görs för de som dog utanför sjukhus (alltså med en platskod högre än 1, t.ex. infentdplace_sex(2010, :M, 1, ">"), är resultatet att 112 591, eller 6,8 procent, dog med infektioner nämnda. Detta är mindre än 40 procent av den låga uppskattningen i artikeln, vilken som sagt är av tveksam relevans, då den bygger på diagnoser hos patienter som dött på sjukhus. Läggs beräkningarna ihop är resultatet att 359 746 amerikaner dog med infektioner som bidragande orsak 2010, vilket motsvarar 14,5 procent av alla dödsfall. Utgår vi från de uppskattningar av förekomsten av multiresistenta organismer som finns i artikeln (28,8 procent), dog drygt 100 000 av infektioner med dessa inblandade. Denna andel bör dock kanske justeras nedåt för infektioner utanför sjukhus.

Men andelen patienter som dött på sjukhus med infektioner nämnd ligger alltså inte långt från den andel Burnham, Olsen och Kollef (2019) utgår från och högre än andelen med infektioner som primärdiagnos hos Govindan m.fl. (2014). Det verkar då inte som problemet med att infektioner inte kommer med i officiell statistik över dödsorsaker beror så mycket på att läkare på sjukhus fyller i intygen slarvigt. Snarare handlar det om att infektioner inte prioriteras när underliggande dödsorsak härleds från informationen på intygen. Om den stressade AT-läkaren är noggrann och fyller i både sepsis och, på raden nedanför, cancer, blir det cancer som registreras som underliggande dödsorsak, och det är denna som ligger till grund för all lätt tillgänglig rapportering av dödsorsaker i officiell statistik. Till detta kommer att infektioner inte finns med som en enhet i de partitioner av ICD-10 som används i rapporteringen (sepsis och luftvägsinfektioner ligger, som nämnts, i olika kapitel). Titeln på Govindan m.fl. (2014) är därmed litet märklig: om den syftar på alla nämnda dödsorsaker på intyget är underskattningen i alla fall inte värre än med författarnas egna metoder, och om den syftar på den underliggande dödsorsaken är den definierad så att den inte skall rapportera intermediära eller omedelbara (proximal) dödsorsaker.

Samtidigt är det ett allvarligt problem att rapporteringen är uppbyggd så att infektioner tenderar att hamna i skymundan. Dall (2019) nämner en 19-årig kvinna med leukemi som dött efter att ha genomgått benmärgstransplantation och sedan infekterats med multiresistenta Pseudomonas. Tanken bakom att rapportera underliggande dödsorsak är att denna skall vara mest relevant ur folkhälsosynpunkt, samtidigt som systemet med en orsak per dödsfall medför bekväma egenskaper, som enkel additivitet hos olika orsaker. Men i fall som det nämnda kan det vara mer realistiskt att söka förebygga och behandla infektioner än att förebygga leukemi, eller hitta mirakelbehandlingar som inte trycker ned immunförsvaret. Det finns ett otillfredsställt behov av begriplig rapportering som inte bara tar hänsyn till den underliggande dödsorsaken.

Referenser

Burnham, Jason P., Margaret A. Olsen och Marin H. Kollef. 2019. ”Re-estimating annual deaths due to multidrug-resistant organism infections”. Infection Control & Hospital Epidemiology 40 (1): 112–113. doi:10.1017/ice.2018.304.

Dall, Chris. 2019. ”New estimates aim to define the true burden of superbug infections”. http://www.cidrap.umn.edu/news-perspective/2019/02/new-estimates-aim-define-true-burden-superbug-infections.

Govindan, Sushant, Letitia Shapiro, Kenneth M. Langa och Theodore J. Iwashyna. 2014. ”Death Certificates Underestimate Infections as Proximal Causes of Death in the U.S”. PLOS ONE 9 (5): 1–4. doi:10.1371/journal.pone.0097714.

National Center for Health Statistics. 2018. ”Data Access - Vital Statistics Online”. http://www.cdc.gov/nchs/data_access/vitalstatsonline.htm.