Organismer med motstånd

Postad 2019-04-12 av Karl Pettersson. Taggar:

Alla är eniga om att resistens mot tillgängliga läkemedel hos sjukdomsalstrande bakterier och andra mikroorganismer är ett allvarligt problem i dagens värld. Dock finns ingen enighet när det gäller problemets omfattning i form av börda av sjuklighet och dödlighet. Enligt CDC (2013) orsakar infektioner med resistenta organismer minst 23 000 dödsfall årligen i USA. De framhåller att det är en konservativ uppskattning, baserad på varierande metoder för olika organismer, och nu argumenterar Burnham, Olsen och Kollef (2019) för att den bör justeras upp rejält. Deras uppskattning, som gäller för 2010, bygger på följande argument.

  1. 715 000 personer dör på sjukhus i USA.

  2. Hos 34,4 procent av dessa är infektioner (bidragande) dödsorsak.

  3. Det dör 1572 624 personer utanför sjukhus av andra orsaker än sådana unlikely to be due to infection (de nämner olyckor, mord och självmord) rapporterade som (underliggande) dödsorsak.

  4. 1550 536 i gruppen definierad i (3) har andra orsaker än infektion rapporterade som (underliggande) dödsorsak.

  5. Hos 17–19 procent i gruppen definierad i (4) är infektioner (bidragande) dödsorsak.

  6. Multiresistenta organismer är inblandade vid 28,8 procent av alla dödsfall i infektioner.

Ur dessa premisser härleds följande uppskattningar av antalet döda i infektioner totalt och infektioner med multiresistenta organismer, där den låga uppskattningen bygger på en andel på 17 procent i (5) och den höga på 19 procent.

Sjukhus

Det dör 245 960 personer av infektioner på sjukhus, varav 70 837 med multiresistenta organismer.

Låg uppskattning

Det dör 285 680 personer av infektioner utanför sjukhus, varav 82 276 med multiresistenta organismer. Totalt dör 531 640 personer av infektioner, varav 153 113 med multiresistenta organismer.

Hög uppskattning

Det dör 316 690 personer av infektioner utanför sjukhus, varav 91 207 med multiresistenta organismer. Totalt dör 562 650 personer av infektioner, varav 162 044 med multiresistenta organismer.

Argumentet kan ställas upp som en beräkning i dc (Wikipedia 2019).

715000
.344*si
1572624sd
1550536se
.17sl.19sh
.288sm
[le*ldle-+soloplm*plilo+plm*p]sr
[SJUKHUS
]Pliplm*p
[LÅG
]Plllrx
[HÖG
]Plhlrx

Om ovanstående rader sparats i filen mdroest.txt ger dc -e mdroest.txt följande utmatning.

SJUKHUS
245960.000
70836.480
LÅG
285679.12
82275.586
531639.120
153112.066
HÖG
316689.84
91206.673
562649.840
162043.153

Det stämmer med deras siffror (bortsett från små avvikelser genom avrundningsfel), så argumentet verkar giltigt. Är premisserna sunda? Premiss (1) bygger på NCHS-data över personer som skrivits ut från sjukhus, och premiss (2) bygger på en uppskattning av andel med sepsis av de som dött på sjukhus. Källan till premisserna (3) och (4) är oklar. Ingen av författarnas källor anger rapporterad dödsorsak hos folk som dött på eller utanför sjukhus. Sådant kan härledas från data publicerade via National Center for Health Statistics (2018), som kan analyseras med mitt Usmort-paket för Julia, men författarna har inte angett några ICD-koder så att siffrorna kan reproduceras. Det är inte heller helt klart varför dödsfall utanför sjukhus genom yttre orsaker skall uteslutas från uppskattningarna. Även vid sådana dödsfall kan infektioner förekomma som komplikation (som med Gustav III, som dog av sårinfektion nära två veckor efter att han skjutits på maskeradbalen). Kanske är tanken att personer med allvarliga infektioner som komplikation till skador idag i regel vårdas på sjukhus, och dödsfall då räknas in i gruppen definierad av premisserna (1) och (2).

Premiss (5) bygger på Govindan m.fl. (2014), som inte handlar om folk som dör utanför sjukhus utan tvärtom jämför underliggande dödsorsaker hos folk som dött på sjukhus med huvuddiagnos för vilken de vårdades när de dog. Ett resultat där är att 17–19 procent av de med hjärtsjukdom, cancer eller slaganfall vårdades för infektion (influensa, lunginflammation eller sepsis). Alltså är det snarare relevant för andelen sjukhusdödsfall som beror på infektion och innebär att denna, med den lägre uppskattningen, halveras jämfört med premiss (2). Premiss (6) bygger på en uppskattning av sjukhusvårdade patienter, och förekomsten av multiresistenta organismer antas vara densamma hos patienter som dör av infektioner utanför sjukhus. Men dessa organismer har i stor utsträckning spritts i sjukhusmiljö, så den senare andelen kan tänkas vara lägre.

Författarna säger att deras uppskattningar skulle göra både multiresistenta infektioner och infektioner i allmänhet, om någondera ingick i rankningen av dödsorsaker, till den tredje vanligaste dödsorsaken i USA, enligt listan i Murphy, Xu och Kochanek (2013). De två högst rankade, hjärtsjukdom och cancer, står för 597 689 och 574 743 dödsfall, och den tredje, kronisk lungsjukdom, för 138 080 dödsfall. Därmed skulle båda deras infektionskategorier, med både den låga och den höga uppskattningen, kunna passas in på tredjeplatsen. Den typen av jämförelser är populära bland amerikanska författare som vill lyfta fram olika dödsorsaker: det har tidigare setts med Alzheimers sjukdom och vårdskador, som jag skrev om den 11 mars förra året. Men rankningen bygger på underliggande dödsorsaker, och fördelningen av dessa är ett nollsummespel, då det bara anges en underliggande orsak för varje dödsfall, så om infektioner skall lyftas som underliggande dödsorsak måste andra kategorier minska i motsvarande omfattning. Om infektioner bildade en rankningsbar orsak med över 500 000 dödsfall och ca 20 procent av dödsfallen i hjärtsjukdom och cancer omfördelades till denna kategori, i enlighet med författarnas resonemang, skulle infektioner bli den vanligaste dödsorsaken i USA. Oavsett var vi drar gränsen för vad som skall räknas som underliggande dödsorsak kan några klaga över att rapportering baserad på detta begrepp leder till osynliggörande av ur folkhälsosynpunkt betydelsefulla tillstånd.

Referenser

Burnham, Jason P., Margaret A. Olsen och Marin H. Kollef. 2019. ”Re-estimating annual deaths due to multidrug-resistant organism infections”. Infection Control & Hospital Epidemiology 40 (1): 112--113. doi:10.1017/ice.2018.304.
CDC. 2013. ”Antibiotic Resistance Threats in the United States 2013”. https://www.cdc.gov/drugresistance/threat-report-2013/pdf/ar-threats-2013-508.pdf.
Govindan, Sushant, Letitia Shapiro, Kenneth M. Langa och Theodore J. Iwashyna. 2014. ”Death Certificates Underestimate Infections as Proximal Causes of Death in the U.S”. PLOS ONE 9 (5): 1–4. doi:10.1371/journal.pone.0097714.
Murphy, Sherry L., Jiaquan Xu och Kenneth D. Kochanek. 2013. ”Deaths: final data for 2010”. https://www.cdc.gov/nchs/data/nvsr/nvsr61/nvsr61_04.pdf.
National Center for Health Statistics. 2018. ”Data Access - Vital Statistics Online”. http://www.cdc.gov/nchs/data_access/vitalstatsonline.htm.
Wikipedia. 2019. ”Dc (computer program) – Wikipedia”. https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Dc_(computer_program)\&oldid=880448504.